행정해석 질의회신 조세특례

기업유형이 변경된 경우 잔여 공제 기간의 고용증대세액공제 적용 방법

사건번호 서면-2025-법인-3076 [법인세과-233] 선고일 2026.02.06

중견기업 기준으로 고용증대 세액공제를 적용받은 내국법인이 다음 과세연도에 기업유형이 변경된 경우에도 해당 과세연도의 종료일로부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 기업유형이 변경되기 전 기준으로 세액공제를 적용하는 것임

「조세특례제한법 시행령」제6조의4 제1항에 따른 중견기업에 해당하는 내국법인이 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가하여 같은 법 제29조의7 제1항 각 호에 따른 세액공제를 적용받은 후 다음 과세연도 이후에 상호출자제한기업집단으로 지정되어 중견기업에 해당하지 않더라도 같은 법 같은 조 제2항에 따른 공제세액 추징사유에 해당하지 않는다면, 해당 과세연도의 법인세에서 공제받은 금액을 해당 과세연도의 종료일로부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 법인세에서 공제하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 수도권 밖의 지역에 소재하는 법인으로 2023년까지 중견기업이었고, 2024년 상호출자제한기업집단으로 지정되어 일반기업으로 기업유형이 변경됨

○ 조세특례제한법 제29조의7 에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 2022년과 2023년에 중견기업 기준(청년 800만원, 청년 외 450만원, 공제기간 3년)을 적용함

2. 질의내용

○ 2022년,2023년에 중견기업 기준으로 고용증대 세액공제를 적용한 법인이 2024년 상호출자제한기업집단으로 지정되어 기업유형이 중견기업에서 일반기업으로 변경된 경우

• 해당 과세연도에 중견기업 기준으로 세액공제를 받고 해당 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도(2024년)의 법인세를 공제할 때 고용증대세액공제 적용 방법

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제29조의7 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

  • 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
  • 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑤ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 제2항을 적용한다. 다만, 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 대해서는 제2항 후단을 적용하지 아니한다.

⑥ 제5항을 적용받은 내국인이 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소하지 아니한 경우에는 제1항 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 3년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

⑦ 제6항을 적용받은 내국인이 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 제2항을 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제6조의4 【상생결제 지급금액에 대한 세액공제】

① 법 제7조의4제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 제9조 및 제93조의4를 제외하고 "중견기업"이라 한다)을 말한다.

1. 중소기업이 아닐 것

1의2. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령제2조제1항제1호 또는 제2호에 해당하는 기관이 아닐 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 경영하지 않을 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 경영하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

  • 가. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업
  • 나. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령제2조제2항제2호 각 목의 업종
  • 다. 부동산 임대업

3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령제2조제2항제1호에 적합할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 3천억원 미만인 기업일 것

5. 법인세법 시행령제42조제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인이 아닐 것

○ 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "중견기업"이란 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업을 말한다.

  • 가. 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업이 아닐 것
  • 나. 공공기관의 운영에 관한 법률제4조에 따른 공공기관, 지방공기업법에 따른 지방공기업 등 대통령령으로 정하는 기관이 아닐 것
  • 다. 그 밖에 지분 소유나 출자관계 등이 대통령령으로 정하는 기준에 적합한 기업

○ 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조 【중견기업 및 중견기업 후보기업의 범위】

② 법 제2조제1호다목에서 "지분 소유나 출자관계 등이 대통령령으로 정하는 기준에 적합한 기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.

1. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  • 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제31조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 기업 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 1.~7. <생략>

8. 상법 제461조의2 에 따라 자본준비금을 감액하여 받는 배당금액(내국법인이 보유한 주식의 장부가액을 한도로 한다). 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본준비금을 감액하여 받는 배당금액은 제외한다.

  • 가. 제16조제1항제2호 가목에 해당하지 아니하는 자본준비금
  • 나. 제44조제2항 또는 제3항의 적격합병에 따른 제17조제1항제5호의 합병차익 중 피합병법인의 제16조제1항제2호나목에 따른 재평가적립금에 상당하는 금액(대통령령으로 정하는 금액을 한도로 한다)
  • 다. 제46조제2항의 적격분할에 따른 제17조제1항제6호의 분할차익 중 분할법인의 제16조제1항제2호나목에 따른 재평가적립금에 상당하는 금액(대통령령으로 정하는 금액을 한도로 한다)
원본 출처 (국세법령정보시스템)